>Хорошо. Может возможно запустить MSDE из под WINE? не знаю, вряд ли.
MySQL не очень промышленная СУБД. Точнее, вполне себе промышленная, но для "мелких проектов", например, очень рулит у хостеров за счет своей производительности.
Из более менее серьезных проектов, использующих MySQL, можно вспоминить разве что livejournal'овский и Wikipedia.org кластеры, последний, кстати, отличился и использованием Ubuntu, что, может быть, доказало, что Ubuntu стала лучше, чем раньше, но явно и показало, что если хочется не достижения результата, а процесса, и инструмент выбирается политически, результат иногда тоже достигается (если очень хочется, но нельзя, на самом деле можно)
В чем характер трабл с MySQL Вы не указали, но, может быть, стоит попробовать более серьезные СУБД?