>> Выжившие, как правило вполне способны размножаться. Если у них с репродуктивной системой
>> всё в порядке.
> размножаться - кое-как (потому что редко доживают до репродуктивного состояния),

"редко" -- это не проблема. Надо популяцию побольше взять, такую, чтобы выживало столько, сколько надо.

> а вам надо - скрещивать с нормальным сортом, чтобы получить только полезное свойство
> мутации, а не весь букет наследственных болячек.

Мутации, как правило, рецессивны. То есть в гетезиготном состоянии они никак не влияют на фенотип. Всё что требуется -- это скрещивая здоровый организм с мутантным, добиться того, чтобы нужный ген оказался бы в гомозиготном состоянии, а остальные мутации в гетерозиготном. Это не так сложно, есть селекционные техники, которые позволяют это сделать минимумом усилий. Я не помню в точности, но вроде так: если есть N-1 вредная мутацая, и 1 полезная, то сложность выделения одной полезной O(log(N)) (это в смысле матожидание количества операций). Вот если нам надо выделить M полезных мутаций, то там что-то типа O(log(N)*exp(M)) получается. Впрочем, я могу врать: я не помню в точности, а восстанавливать в памяти эти алгоритмы или искать их в интернете мне влом.

> в 38м году почему-то никому не приходило в голову, что помидор с удвоенным набором хромосом способен на вас броситься

А это и сейчас редко кого пугает. Народ жрёт полиполидные овощи/фрукты даже не задумываясь об этом. Да что там фрукты, разные сорта пшеницы могут быть диплоидными, тетраплоидными и даже больше, и, как я понимаю, это длится уже тысячами лет. И ничего.
СМИ истерят по другому поводу, по поводу пересадки генов навозной мухи в клубнику. И именно этот момент генной инженерии пугает население. Всё остальное если и пугает, то чисто по созвучию.