Посыл топика -- ответить на вопрос, как на Си писать в порты. Ваш К.О.Зачастую оборудование висит прямо на шине памяти, тогда запись регистры этого оборудования производится точно также, как и запись в память. Не вижу проблемы, чтобы выполнять такую запись по адресу из Си:
*((unsigned int *)0x4ae04030) = 0xdeadbeef;
На самом деле всё немного сложнее и нужно делать ioremap(), чтобы отобразить адреса i/o в память, и потом в эту память записать нужное значение -- т.о. регистр будет содержать записанное значение.
Всё описанное должно выполняться в пространстве ядра, естественно.
Более подробно можно почитать тут:
http://rus-linux.net/MyLDP/BOOKS/drivers/linux-device-driver...
http://rus-linux.net/MyLDP/BOOKS/drivers/linux-device-driver...
http://www.makelinux.net/ldd3/chp-9-sect-4