[ новости /+++ | форум | теги | ]

Каталог документации / Раздел "Программирование в Linux" / Оглавление документа

Топологии

Ранее было указано, что существует возможность связать с коммуникатором дополнительную информацию, которая находится вне группы и контекста. Эта дополнительная информация кэширована с коммуникатором, и одной из самых важных ее частей является топология. В MPI топология представляет собой механизм для того, чтобы связать с процессами, принадлежащими группе, различные схемы адресации. Топология MPI - виртуальная, т. е. может не существовать никакого простого отношения между структурой процессов, определенной виртуальной топологией и фактической физической структурой параллельной машины.

Известны два основных типа виртуальной топологии, которая может быть создана MPI, - декартова топология, или топология сетки, и топология графа. Первый тип является подмножеством второго. Однако из-за активного использования сеток в приложениях выделяется отдельное подмножество функций MPI, цель которого - манипуляция виртуальными сетками.

В алгоритме Фокса необходимо идентифицировать процессы
MPI_COMM_WORLD координатами квадратной сетки, причем каждая строка и колонка сетки должны формировать свой собственный коммуникатор.

Сначала необходимо связать квадратную структуру сетки с
MPI_COMM_WORLD. Чтобы сделать это, нужно определить следующую информацию:

• Число измерений сетки (в данном случае 2).
• Размер каждого измерения. В данном случае, это просто число строк и число колонок( q строк и q колонок).
• Периодичность каждого измерения. В данном случае эта информация определяет, является ли первый элемент в каждой строке или колонке смежным с последним элементом в этой строке или колонке соответственно. Так как алгоритм требует "кругового" сдвига подматриц в каждой колонке, нужно, чтобы второе измерение было периодическим. При этом неважно, является ли периодическим первое измерение.
• Наконец, MPI предлагает пользователю опцию, позволяющую системе оптимизировать отображение сетки процессов на основные физические процессоры, возможно переупорядочивая процессы в группе, принадлежащей коммуникатору. Поскольку порядок процессов в MPI_COMM_WORLD не имеет значения, можно позволить системе выполнить переупорядочение.

MPI_Comm grid_comm;

int dimensions[2];

int wrap_around[2];

int reorder = 1;

dimensions[0] = dimensions[1] = q;

wrap_around[0] = wrap_around[1] = 1;

MPI_Cart_create(MPI_COMM_WORLD, 2, dimensions,

   wrap_around, reorder, &grid_comm);

int coordinates[2];

int my_grid_rank;

MPI_Comm_rank(grid_comm, &my_grid_rank);

MPI_Cart_coords(grid_comm, my_grid_rank, 2,

   coordinates);

Обратной функцией к MPI_Cart_coords() является
MPI_Cart_rank():

int MPI_Cart_rank(grid_comm, coordinates, &grid_rank)

Синтаксис MPI_Cart_create():

int MPI_Cart_create(MPI_Comm old_comm,

    int number_of_dims, int* dim_sizes,

    int* periods, int reorder, MPI_Comm* cart_comm)

Процессы в cart_comm ранжируются в порядке строк. При этом первый ряд состоит из процессов 0, 1,..., dim_sizes[0]-1, второй ряд - из процессов dim_sizes[0],dim_sizes[0]+1 , ... ,
2*dim_sizes[0]-1 и т.д. Таким образом, иногда выгодно изменить относительное ранжирование процессов в old_comm. Например, пусть физическая топология - это сетка 3x3,а процессы (номера) в old_comm назначены на процессоры (квадраты сетки) следующим образом (рис. 5):

Поскольку MPI_Cart_create() создает новый коммуникатор, она является коллективной операцией.

Синтаксис функций, возвращающих адресную информацию:

int MPI_Cart_rank(MPI_Comm comm, int* coordinates,

    int* rank);

int MPI_Cart_coords(MPI_Comm comm, int rank,

    int number_of_dims, int* coordinates)

Партнёры:

Хостинг: