Не знаю, как это делается правильно, но можно просто посмотреть структуру сайта debian для обновлений и сделать аналогично. Попробуй, расскажешь что получилось.
apt-у нужен файл Packages (как я понял скачивает он Packages.gz, т.е. его сжатую версию), в котором находится информация о пакетах и где они лежат (например, Filename: pool/main/g/gzip/gzip_1.3.2-3woody1_i386.deb). Все скаченные deb-ы лежат в /var/cache/apt/archives. Переходим в /var/cache/apt и даем команды:
dpkg-scanpackages archives /dev/null > archives/Packages
gzip -c archives/Packages > archives/Packages.gz
Настраиваем web-сервер на этой машине.
Создаем /var/www/debian/dists/stable/main/binary-i386/ и кладем туда Packages и Packages.gz (может нужен еще файл Release, тогда скопировать уже имеющийся). http://server.domain.tld/debian должен указывать на /var/www/debian.
Делаем ln -s /var/cache/apt/archives/ /var/www/debian/ (проверить права).
На других сервера в /etc/apt/sources.list
deb http://server.domain.tld/debian stable main
apt-get update и т.д.
Может где ошибься, но идея, надеюсь, понятна.