Фтп использует не только 21 порт, но и 20 и пассивные (но от них можно избавится), и из-за этого возникает много проблем.
Попробуйте чтото типо
fwd 127.0.0.1,3128 tcp from any to any 21, 20 in via rl1
Помойму еще и 19 порт какуюто роль играет, но могу ошибатся... И пусть сквид разберается какой куда переадресовывать.
Гдето читал что лучше поставить ftp прокси
P.S.
Если у вас прозрачный прокси работает на 5 или 6 ветки то может вы мине поможите https://www.opennet.ru/openforum/vsluhforumID12/3700.html#1