Дополнительно в Ninja была добавлена поддержка некоторых новых возможностей, например:

• Буферизация вывода всех параллельно выполняемых команд, что позволило более точно ассоциировать ошибку с вызвавшей её командой, без смешивания с выводом от других процессов;
• Правило может ссылаться на дополнительную информацию о разрешении неявных зависимостей, что позволяет, например, обеспечить корректный учет зависимостей заголовочных файлов;
• Процесс сборки может приводить к созданию сразу нескольких целевых файлов;
• Формирование целевого файла косвенно зависит от формирующей его командной строки, т.е. изменение опций компилятора приводит к пересборке соответствующих файлов;
• Директории для помещения результатов сборки создаются до выполнения связанных с ними правил;
• При выполнении правил могут использоваться краткие описания выполняемых команд, например, "CC foo.o" вместо длинной командной строки.