В "System \ Preferences \ Preferred Applications" в качестве почтового клиента
нужно прописать скрипт

   /home/имя/open_mailto.sh %s

, содержащий:

   #!/bin/sh
   firefox https://mail.google.com/mail?view=cm&tf=0&to=`echo $1 | sed 's/mailto://'`

Если нужно открывать gmail не в новом окне, а в новом табе:

   #!/bin/sh
   firefox -remote "openurl(https://mail.google.com/mail?view=cm&tf=0&to=`echo $1 | sed 's/mailto://'`,new-tab)"")

Для уведомления о появлении почты в Gmail можно использовать программы:
gmail-notify - http://gmail-notify.sourceforge.net/
KGmailNotifier - http://www.kde-apps.org/content/show.php/KGmailNotifier?content=55375
gnome-gmail-notifier - http://code.google.com/p/gnome-gmail-notifier/