Восстановить дату последней модификации файла из базы rpmdb позволяет команда:

   touch -m --date="`rpm -q --qf '%{FILEMTIMES:date}' -f имя_файла`" имя_файла

Например, рассмотрим ситуацию

   rpm -V postgresql-server
   .......T  c /var/lib/pgsql/.bash_profile

У файла поменялась дата модификации в связи с внесением в него временных
изменений. Восстановим дату модификации на хранимую в rpmdb

   touch -m --date="`rpm -q --qf '%{FILEMTIMES:date}' -f /var/lib/pgsql/.bash_profile`" /var/lib/pgsql/.bash_profile

Проверим, что изменения имели место быть

   rpm -V postgresql-server

Проверка прошла успешно.